Os vitrais das janelas, variados e artísticos, assim como o painel do arco-cruzeiro em mosaico artístico, dão ao interior do Santuário tonalidades e cambiantes que enriquecem a harmonia do conjunto.
Os vitrais são a glorificação de Nossa Senhora Auxiliadora através do Seu fiel servo, S. João Bosco, apóstolo da devoção à Senhora, e da Sua serva Santa Maria Domingas Mazzarello, fundadora juntamente com o Grande Santo Educador, da Congregação das Filhas de Maria Auxiliadora.
Pareceu bem esta glorificação, pois S. João Bosco, mais de uma vez, falando das maravilhas atribuídas ao seu poder taumaturgo, foi ouvido exclamar com os sentimentos da mais profunda humildade: “Tudo o que vedes e que dizeis ser obra de D. Bosco, é obra de Maria Auxiliadora. Foi Ela que inspirou estas obras de bem e que as levou a bom termo. Foi Ela quem tudo fez!”
Nas sacristias podem admirar-se oito vitrais artísticos, que representam respetivamente os escudos, português, do Papa, salesiano e mariano.
Em grande destaque na capela-mor está a imagem imponente de Nossa Senhora Auxiliadora, orago do santuário.
De dimensões mais reduzidas, do lado esquerdo e direito do painel em mosaico, encontram-se as imagens do primeiro patrono dos Salesianos, S. Francisco de Sal, à esquerda e S. João de Brito à esquerda.
Por cima dos quatro altares laterais, estão à veneração dos devotos, do lado direito as imagens de S. João Bosco e de Sta. Maria Domingas Mazzarello, e, do lado esquerdo, as imagens de S. José e de S. Domingos Sávio, primeiro santo juvenil salesiano.